Sélectionner les packages souhaités lors de l'installation comme vim, rsync openssh, … Il est possible d'en ajouter à postériori en réexécutant le programme d'installation.

En fait il faut faire pointer sur la version java installée sur la machine Windows en éditant le fichier .bash_profile pour ajouter :

export JAVA_HOME=/cygdrive/c/Program\ Files/Java/jdkversion/
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin